В 1969 году агент К. арестовал преступника по имени Борис Зверь, прежде чем он смог вторгнуться на Землю. В процессе он разрушил руку преступника, оставив Бориса с одной рукой и горькой ненавистью к К. В текущем году мы видим, как Борис Зверь сбегает из тюрьмы с помощью подруги. С ее помощью Зверь Борис убивает большую часть охранников тюрьмы и свою девушку. Их высасывают из дыры, созданной в тюрьме. Тюрьма расположена на Луне, поэтому в ней создается давление до тех пор, пока дыра не будет проделана в стене здания. Зверь Борис мстит агенту К. за потерю руки и 40 лет тюремного заключения.
Агент K узнает о побеге и в загадочной беседе говорит J, что хотел бы убить Бориса еще в 1969 году. На следующий день агент K пропал, но единственный человек, который помнит, что K когда-либо существовал после 1969 года, - это его напарник агент J. В разгар текущего вторжения инопланетян, вызванного изменениями, которые Борис ввел в новом 1969 году, Джей понимает, что он должен вернуться во времени, чтобы спасти мир. Он должен спасти агента К, который установил ArcNet для защиты Земли в 1969 году. Когда инопланетянин вторгся на Землю, незадолго до того, как использовать устройство путешествия во времени, он задается вопросом, как он единственный, кто помнит агента К. Создатель устройства предполагает, что Агент J, должно быть, был там с агентом K в 1969 году. Несмотря на замешательство, агент J путешествует во времени, намереваясь спасти своего партнера, спасти мир в текущем году и уничтожить животное Бориса.
Этот третий фильм во франшизе «Люди в черном» возвращается с Уиллом Смитом в роли агента J, а нынешнего агента K снова играет актер Томми Ли Джонс. Когда агент J путешествует во времени, чтобы спасти мир и агента K, младшего агента K играет Джош Бролин. Этот последний фильм «Люди в черном» был выпущен через 15 лет после выхода оригинального фильма.